Esta Ciudad lfue fundada por el Capitán español Hernando Santana, el 6 de Enero de 1550, quién en la advocación a la fecha religiosa que se celebraba en ese día y en reconocimiento al Cacique Upar, jefe de la tribu que poblaba la región, le dio el nombre de los Santos Reyes de Valle de Upar. Para el asentamiento de la fundación el capitán español escogió la parte septentrional del Valle de Upar, bañado por el río Guatapurí, que en el dialecto Chimila significa "Agua Fría".
Lo que hoy se conoce como la Ciudad de Valledupar, fue eregida parroquia en 1956, llegó a ser capital de la provincia de Valledupar de conformidad a la ley 15 de abril de 1850;fue elevada a capital del departamento de Valledupar del Estado Federal del Magdalena de acuerdo a la ley 29 de diciembre de 1864; al reestructurarse la división político-administrativa del Estado Unitario Colombiano, fue erigida como municipio del Departamento del Magdalena según la Ordenanza No 57 de 1915, la cual estableció su extensión y límites. Lo que hoy se conoce como la Ciudad de Valledupar, fue eregida parroquia en 1956, llegó a ser capital de la provincia de Valledupar de conformidad a la ley 15 de abril de 1850;fue elevada a capital del departamento de Valledupar del Estado Federal del Magdalena de acuerdo a la ley 29 de diciembre de 1864; al reestructurarse la división político-administrativa del Estado Unitario Colombiano, fue erigida como municipio del Departamento del Magdalena según la Ordenanza No 57 de 1915, la cual estableció su extensión y límites. Época precolombina
La ciudad del gran Cacique Upar, Eupari era considerada la capital de la nación de las tribus indígenas Chimilas que abarcaban casi en su totalidad el valle del río Cesar o Pompatao. Los Chimilas tenían dos grandes provincias, la del norte que pertenecía a Upar y la del sur de los Pocabuy. Upar ejercía su cacicazgo sobre una federación de aldeas que incluían a El Molino, Villanueva, Chiriguaná y Sompallón (El Banco), extendiéndose desde el centro de La Guajira, en la poblaciones de Fonseca y (norte) hasta el río Magdalena (sur) y desde la Sierra Nevada de Santa Marta (occidente) hasta la Sierra de Perijá (oriente). Eupari era la sede central del gobierno y el cacique vivía en una casa imperial como jefe militar y religioso. Las tribus de la nación Chimila incluían a los upares, socuigas y guanaos en inmediaciones del río Badillo, los cariachiles en Barrancas, Fonseca y El Molino, los itotos en Villanueva, pocabuyes, maconganas (tribu chimila de la sierra nevada), chiriguanaes y garupares. Los tupes eran una tribu mezclada entre Chimila y Caribe.
Conquista española
Descubrimiento
Los primeros españoles en explorar el valle de Upar fueron comandados por Pedro de Vadillo en 1528 y el territorio entró a formar parte de la Gobernación de Santa Marta, que había sido capitulada por el rey de España al conquistador Rodrigo de Bastidas, el 6 de noviembre de 1524. A Bastidas le acompañaban cerca de 450 hombres con el fin de fundar Santa Marta, entre los que figuraban Pedro de Villafuerte y Domingo Álvarez Palomino. Villafuerte se convertiría en el primero en ver el valle de Upar tras escapar de Santa Marta por cometer un delito, circundó la Sierra Nevada de Santa Marta y por la dificultad de la travesía y los enfrentamientos con los Chimilas, Villafuerte se devolvió a Santa Marta donde anunció su descubrimiento de abundante alimento, riqueza y tierras. Fue entonces cuando los siguientes gobernadores de Santa Marta ordenaron conquistar dicho valle. En 1528, Pedro de Vadillo, actuando como gobernador de Santa Marta, descubrió y penetró el valle en donde tuvo inicialmente un contacto cordial con los indígenas Chimilas que le ofrendaban con oro, joyas y alimentos.
Fundación
Alfonso Luis de Lugo, sin embargo continuó actuando en ocasiones como gobernador, exigiendo riquezas a capitanes de poblaciones. También ordenó fundaciones como la de Tamalameque por San Martín y la de Valledupar, por Francisco Salguero. Salguero no pudo fundar la población por falta de gente. Para la misma época la trata de esclavos que se daba en las poblaciones de las costas del caribe llegaron a refugiarse los negros cimarrones al Valle de Upar. Muchos de estos negros se establecieron en palenques en los alrededores de Valledupar, como el que se dio en Atánquez.
Por mandato real, se prohibió la destrucción de los indígenas en 1543. En 1544, Miguel Díez de Armendáriz nombró desde Cartagena de Indias a Luis de Manjarrez como gobernador de Santa Marta. Durante su mandato como gobernador se fundó Valledupar. Mientras que en Santa Marta actuaba como alcalde el Capitán Hernando de Santana, también Teniente del Gobernador de Santa Marta. Santana organizó la expedición para fundar la población del Valle de Upar. El 6 de enero de 1550, el capitán Hernando de Santana fundó la ciudad del Valle de Upar (a veces llamada Ciudad de los Reyes por el día de fundación), acompañado por el cronista Juan de Castellanos, quien relato los hechos. 
LA INDEPENDENCIA DE VALLEDUPAR de la monarquía española, en el marco de la independencia de Colombia y las Guerras de independencia hispanoamericana, comenzó el 21 de mayo de 1810, como parte de la llamada "Revolución de 1810" que se dio en el Virreinato de Nueva Granada. Los moviemientos de insurrección en contra de la corona española en América se iniciaron en 1809 en Charcas, La Paz y Quito. En el Virreinato de la Nueva Granada se inician después del alzamiento en Caracas el 19 de abril de 1810, teniendo a Valledupar como la primera población en levantarse. El levantamiento fue propiciado principalmente por María Concepción Loperena quien dio el grito de independencia en Valledupar el 4 de febrero de 1813 y patrocinó la causa libertadora de Simón Bolívar, donándole 300 caballos para su ejército. Los independentistas buscaban formar una nueva nación llamada inicialmente Provincias Unidas de Nueva Granada dentro del periodo que se denominó en la historia de Colombia como la Patria Boba.
El Acuerdo 002 del 14 de febrero del 2004, fue aprobado por el Concejo de Valledupar, por el cual se institucionalizó el 4 de febrero como fecha histórica en el municipio de Valledupar y se ordena izar la bandera del municipio en los establecimientos públicos, especialmente en los colegios.